煤泥烘干机燃煤锅炉脱硫系统的脱硫率直接关系到能否排放达标。同时，脱硫吸收剂的消耗量又关系到运行成本。脱硫率受系统多种因素影响，应当使系统处于最佳运行工况，以保持高脱硫率和经济运行。
1．钙硫比（Ca/S）
Ca/S是指用于脱除SO2的吸收剂占加入脱硫系统中吸收剂总量的质量分数。由于湿式工艺中的反应是在气、液和固三相之间进行的，反应条件比较理想。提高Ca/S可一定程度增加脱硫率，同时也增大了运行成本。所以，脱硫系统运行中Ca/S的确定应以排放达标为原则，以煤炭含硫量，脱硫系统工艺、设施，脱硫剂及所处区域SO2的排放标准等条件计算，并经过试验和监测SO2排放值，确定最佳和经济的Ca/S。
系统运行中要及时测试和调整脱硫液pH值，以保证Ca/S在脱硫率需要的范围。pH值一般应在9左右，不能低于6，否则Ca/S过低，不能保证排放达标，也会对系统造成酸性腐蚀。但也不能过高，否则会造成钙过剩，加大成本，且易造成脱硫液粘性增大，发生系统部件堵塞。
2．脱硫吸收剂
脱硫吸收剂的选择直接决定工艺流程、系统的投资和运行成本以及副产品的回收处置。目前湿式烟气脱硫技术中，采用石灰石法的占36.7%，也是我国中小型燃煤锅炉应用最广泛的。湿式石灰石工艺法中，强制使副产品CaSO3氧化成CaSO4（石膏）予以回收的为回收法；副产品是未经氧化的CaSO3和自然氧化的石膏（CaSO4?2H2O）混合物，因不能回收利用而成为抛弃物的叫抛弃法，其特点是设备简单、操作容易、投资及运行费较低，但废渣占用场地，易造成二次污染。中小型锅炉多采用抛弃法，这些抛弃物应有妥善的处置方法。
系统运行时应注意及时清理脱硫液中副产品和烟尘混合物。否则，脱硫液不足会影响气液充分接触而致使脱硫率下降，同时还易使管道、喷淋等部件堵塞而影响系统正常运行。